Der görzische Ministerialadel, der u. a. auf den zahlreichen Burgen rund um Lienz saß, dürfte auch hier einen Sitz gehabt haben. Das bedeutendste Ministerialengeschlecht war jenes der Burggrafen von Lienz. Burggraf Heinrich (1256) ist schon insofern von Interesse, als er sich auch der Sangeskunst hingab. Seine Lieder sind in der berühmten "Manessischen Liederhandschrift" enthalten, die kurz nach 1300 entstanden ist. Die Ansiedlung, immer mehr von Handelsleuten und Gewerbetreibenden durchsetzt, erhielt vom görzischen Grundherrn verschiedene Rechte wie Markt-, Stapel-, Niederlagsrecht und niedere Gerichtsbarkeit und wuchs so in den Status einer mittelalterlichen Stadt hinein, weshalb auch kein präzises Datum für die "Stadterhebung" angegeben werden kann.
Damit kommt aber der ersten urkundlichen. Nennung als "Stadt" ("civitas") eine besondere Bedeutung zu. Sie ist in einer Eintragung eines Bozner Notars vom 25. Februar 1242 enthalten. Es spricht für die Bedeutung der Stadt, wenn das alte Burgum auf der Westseite in den Jahren 1311 bis 1320 bereits erweitert werden musste.
Vor dem westlichen Tor entstand ein Zentrum pulsierenden wirtschaftlichen Lebens. Von hier aus nahmen vier Straßen ihren Ausgang. Auf diesem Platz wurde auch die St.-Johannes-Kirche errichtet, die 1308 erstmals erwähnt wird, deren tatsächliches Alter aber nicht bekannt ist. Sie fungierte als Filialkirche von St. Andrä. Die Johanneskirche existiert heute nicht mehr; sie wurde nach einer Zerstörung durch Brand (1798) nicht wiedererrichtet. Unweit von St. Johann entstand das Kloster der Karmeliten mit angeschlossener Kirche. Gestiftet wurde es von Gräfin Eufemia von Görz und ihren Söhnen im Jahr 1349.
Die Karmeliten haben in der Seelsorge gewirkt und im 18. Jahrhundert auch die Lienzer Schulen betreut. Unter Kaiser Joseph II. wurde der Konvent aufgelöst (1785), während in die Gebäude die Franziskaner aus Innsbruck einzogen. Außerhalb der Mauern befand sich weiter das Spital mit zugehöriger Hl.-Geist-Kirche, eine Sozialeinrichtung. Im Gegensatz zur ersten urkundlichen Erwähnung um die Mitte des 14. Jahrhunderts, ergab der archäologische Befund einer wissenschaftlichen Grabung (1992) für die Kirche eine Datierung in das 13. Jahrhundert.
Die Entwicklung ging von einer Versorgungsstätte alter Lienzer ("Pfründner") zur Institution eines Krankenhauses, dessen Funktion, die Gebäude bis 1931 erfüllten. Die Kirche erlitt durch Bombardierung im April 1945 große Schäden, konnte jedoch 1952/57 mit dem neuen Patrozinium "St. Josef" wiederhergestellt werden. Inzwischen dient der Raum mit seinem spätbarocken Erscheinungsbild kulturellen Zwecken.